微生物基因組定序服務

微生物 (microbes) 廣泛存在於生物體、動植物、海洋、泥土等環境中,這些微生物族群的總合稱為微生物相 (microbiome),其基因體總和則稱為「總體基因體學 (Metagenomics)」。它們是地球環境演化的關鍵參與者,也在生態環境保護與經濟發展中發揮重要作用。

微生物相是人體第二大基因體 (Second Genome)!

人體細胞大約有40兆個,研究發現人體細胞和微生物數量幾乎相近、甚至更多1!目前已知腸道微生物約有1000多種,和人體不重複的基因數總和就高達 3,300,000 以上2,因此腸道菌群被稱為人類的第二基因體  (Second Genome),人體的健康、免疫、代謝與疾病狀態和腸道菌相有著密切關係。

註1 Valeria D’Argenio, Francesco Salvatore. The role of the gut microbiome in the healthy adult status. Clinica Chimica Acta. 451, Part A, 7 December 2015, 97-102.
註2 Luke K Ursell et al. Defining the Human Microbiome. Nutr Rev. 2012 Aug; 70(Suppl 1): S38–S44.

第一期人類微生物組計畫 (Human Microbiome Project 1, HMP1, 2018-2012)

利用 16S rDNA定序和總體基因體學定序 (whole metagenome shotgun sequencing),分析了來自鼻腔、口腔、皮膚、腸胃道、生殖泌尿道的微生物組成,與其所涉及到的代謝途徑等生物功能。

第二期人體微生物組計畫 (Integrative Human Microbiome Project, iHMP, 2013-2016)

主要是利用多體學 (Multi-Omics) 的研究方式,分析疾病發展過程中,微生物組的基因體、蛋白體、代謝體,以及宿主免疫與各項生化指標所發生的變化。

這些國際計畫奠定了人體微生物項研究基礎,為個人疾病管理、疾病檢測與健康規劃提供了新的產業脈動!

微生物菌相定序可以如何應用在生活上

環境污染修復和微生物菌相之關聯

  • 水體微生物修復
  • 污染土壤微生物修復 
  • 環境微生物菌劑
  • 空氣微生物指數

農業經濟和微生物相之關聯

  • 土壤微生物和經濟作物生長、產量之關聯
  • 植物共生菌和生長、產量之關聯
  • 經濟動物體內菌相和健康、品質、產量之關聯

人體健康、免疫、代謝與疾病狀態之研究

  • 糞便治療與移植以治療 Clostridium difficile 反覆感染
  • 攝取益生菌以調整體質與免疫力
  • 飲食管理對於腸內菌相的改善
  • 腸道菌相和大腸直腸癌的關連

微生物相基因定序服務

基米提供了illumina短讀長與PacBio長讀長兩種高通量定序平台,讓臨床醫師與科研人員可依照自己的實驗目的需求,選擇最適合的定序方案。

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