Pacific Biosciences



Pacific Biosciences – Sequence with Confidence

由太平洋生物科學公司 (Pacific BioSciences,簡稱PacBio) 所開發的single-molecule real-time (SMRT) 定序技術,可執行單分子即時定序。其長讀長與高準確度優勢可應用於基因組 (genomes)、總體基因組 (metagenomes)、轉錄組 (transcriptomes) 與表觀基因組 (epigenomes) 等研究,提供全方位的定序應用。

 

PacBio Sequel II System – The Awards

繼 2016年 Sequel 榮獲十大發明獎後,PacBio再次以最新機型 Sequel II 獲得 The Scientist Top 10 Innovations of 2019  榮譽!

「Sequel II 能夠以更高的準確性,更高的通量和更低的成本來進行更長的讀取。PacBio 為長讀取定序技術樹立了標準,其儀器的升級將對基因組學產生重大影響。」 - The Scientist.

PacBio Distributor in Taiwan – Genomics

基龍米克斯生物科技股份有限公司為台灣定序服務領域的領導者,以定序為本,在台灣市場屹立不搖;而 PacBio 為三代定序的龍頭品牌,自 2015 年 5 月 21 日起迄今,本公司獨家代理 PacBio,提供試劑與 Sequel 系列定序儀器銷售,建立了專業的銷售、技術支援、資訊分析、儀器維護的 PacBio 團隊,全面領先市面上的定序服務。擁有全方位一代、二代、三代定序的基米,會以最豐富的經驗,提供最優質的服務給每一位用戶。enlightened

Learn about PacBio Long-Read Sequencing

PacBio SMRT sequencing  可使用廣泛的樣品來源,在取得核酸 (DNA & RNA) 後即可根據應用實驗項目執行建庫,其特別的啞鈴型結構文庫稱為「SMRTbell Library」,上機時利用隨機擴散 (Diffusion Loading) 方式注入SMRT晶片 (SMRT cell) 的ZMW (Zero-mode waveguides) 孔洞槽中進行定序。在每個ZMW槽中僅執行單一分子定序,有效降低雜訊並且即時收集四色螢光訊號。

Sequel Series Systems支援兩種定序模式:CCS (Circular Consensus Sequencing) Mode 與 CLR (Continuous Long Reads) Sequencing Mode。在CCS模式下,文庫會解開成為環型結構,DNA聚合酶得以不斷繞圈 (Rolling circle) 並且產生高準確度的HiFi Reads (High Fidelity Reads = QV20 CCS Reads)。在CLR模式中,則適合長片段文庫實驗 (≧20 kb insert),能夠得到足夠長的定序片段 (半數以上的序列可達50kb以上)。

Advantages of SMRT Sequencing

Long Reads

在CLR模式下,半數以上序列可達50kb以上,單一晶片可達160Gb輸出量;
在CCS模式下,半數以上序列可達19kb以上,單一晶片可達400Gb輸出量。

Long Reads



Data from a 35 kb size-selected E. coli library using the SMRTbell Express Template Prep Kit 2.0 on a Sequel II System (2.0 Chemistry, Sequel II System Software v8.0, 15-hour movie)

HiFi Reads



A 20 kb size-selected human library using the SMRTbell Express Template Prep Kit 2.0 on a Sequel II System (2.0 Chemistry, Sequel II System Software v8.0, 30-hour movie)

 
High Accuracy

無系統性錯誤,在定序深度約30X Coverage時準確度可達QV50 (99.999%)。

 

Uniform Coverage

無鹼基偏好性,即使是GC-rich區域也可跨越,能夠讀取其他技術平台難以跨越的困難區域。

 

Single-Molecule Resolution

單分子即時定序,定序過程中無須分子擴增,沒有PCR bias。

 

Epigenetics

不須其他實驗處理,可直接偵測鹼基修飾(例:6mA & 4mC)。


Consensus accuracy is a function of coverage and chemistry. The data above are based on a haploid bacterial genome run on the Sequel II System (2.0 Chemistry, Sequel II System Software v8.0). HiFi accuracy has similar coverage requirements

Features of the PacBio Sequel Systems

Sequel系統皆搭配SMRT Link與ICS軟體,用戶可輕易使用SMRT Link的視覺化操作介面執行上機設定、下機品管與二級分析;ICS則提供儀器顯示面板操作、執行運行監測與初級分析。下表為Sequel II 與Sequel 兩種機型的規格比較:

  Sequel II Sequel
Supported SMRT Cell SMRT Cell 8M SMRT Cell 1M
Number of HiFi Reads >99%* Accuracy Up to 4,000,000 Up to 500,000
Sequencing Run Time per SMRT Cell Up to 30 hrs Up to 20 hrs
Recommended Chemistry 2 3
Instrument Control Software (ICS) v8.0 v8.0
SMRT Link v8.0 v8.0
Performance Data Sequel II System Release Sequel System 8.0 Release
*Number of HiFi reads is dependent upon the insert size and sample quality.

詳細應用請上PacBio官網查詢